Na celotnem območju strunjanskega in portoroškega ribolovnega rezervata je prepovedano izvajanje negospodarskega ribolova, z izjemo športnega in rekreacijskega ribolova z obale. Prav tako veljajo določene omejitve na zavarovanih delih morja. Na območju Naravnega rezervata Strunjan je prepovedano izvajati negospodarski ribolov z izjemo trnkarjenja. Prepovedano je tudi nabiranje vseh vrst morskih organizmov. Na območju Podvodnega naravnega spomenika Rt Madona je prepovedan podvodni ribolov (tudi plavanje z opremo za podvodni ribolov) in nabiranje vseh vrst morskih organizmov v neznanstvene namene. Na območju Krajinskega parka Sečoveljske soline je prepovedano izvajati športni ribolov, v prvem varstvenem območju parka pa tudi vse druge oblike vodnih in drugih športno rekreativnih dejavnosti.